Este jogo foi lançado dia 17 de Novembro de 2005 no Japão, existem duas versões, o Pokémon Mystery Dungeon Blue para o Game Boy Advance, e Pokémon Mystery Dungeon Red para o Nintendo DS.

Neste jogo você é um Pokémon que tem como objetivo salvar o mundo, você irá enfrentar Dungeons, chefões e também resgatar Pokémon perdidos.

No começo do jogo você terá que responder algumas perguntas, onde será escolhido o Pokémon que você deverá ser através delas. Estão incluídos os iniciais de Kanto, Johto e Hoenn.