Pokémon Puzzle Challenge, é um jogo para o console Game Boy Color, dedicado inteiramente ao Pokémon. Este jogo tem algumas características que nenhum outro jogo de Puzzle tem.

Seu objetivo será juntar os blocos da mesma cor em um grupo de 3 ou mais, para conseguir faze-los desaparecer. Depois de fazer os blocos desaparecer novos blocos iram sair do fundo do ecrã. Então seu objetivo será não deixar, com que os blocos encostem no ecrã.

A aventura é na região de Johto, existem combates com treinadores das versões Gold/Silver, em batalhas ou Puzzles. Também será possível capturar alguns Pokémons. E se algum treinador for derrotado, os Pokémons dele ficam para você.